MTSetVarTemplate ブロックタグとの違いは、ブロックした内容が処理された結果が値となるか、処理されずブロックしたテンプレートが値となるかです。MTSetVarBlock はブロックした内容が処理された結果が値となります。
MTSetVarBlock | テンプレートタグリファレンス
例えば値に <mt:EntryID> を入れたい場合は以下のようになります。
まず MTSetVar の場合。
<mt:SetVar name="entry_id" value="<mt:EntryID>" />
出力結果: <mt:EntryID>
続いて MTSetVarBlock の場合。
<mt:SetVarBlock name="entry_id"><mt:EntryID></mt:SetVarBlock>
出力結果: 254 (実際の記事 ID が出力される)
これにハマってしばらく悩んだけど、もう覚えたもんね!