以下、Serene Bach 3.00 beta019 で直っていることを確認しましたヽ(・ω・)ﾉ
Serene Bach 3.00 beta018 が公開されています。
早速 sb-users.jp の Serene Bach 3.xx 情報とお知らせ、Riszw の 3 つでアップデートを行ったのですが、entry.js の中身が空っぽになってしまいました。
Dawn on the Prairie | 静的ファイルと CGI を分離して設置する: Serene Bach 3 β版編
この方法 + resource ディレクトリも CGI の方に格納しているからかもしれません。わかりません。