現象が発生した日時を控えておいてコンソールログを見てみました。関係ありそうなのはこれかなぁ。
09/09/14 9:49:38 Console[2400] [IMKInputSession activate] exception caught.
IMKInputSession: --
NSPortTimeoutException : connection timeout: did not receive reply
これと、
09/09/14 9:49:50 /usr/sbin/spindump[2417] process 2400 is being no longer being monitored
これの二種類と同じような内容のログがだだだーっと数十行ありました。